En 1930, Viktor Frankl obtient son doctorat en médecine à l’Université de Vienne. Il se spécialise en neurologie et en psychiatrie, deux disciplines qui marqueront durablement son œuvre. Contrairement à une lecture parfois trop philosophique de Frankl, il faut rappeler qu’il fut d’abord médecin : sa pensée du sens s’enracine dans une pratique clinique, auprès de patients confrontés au désespoir, à la maladie psychique et à la perte de sens pouvant conduire au suicide.
Dès la fin des années 1920 et le début des années 1930, Frankl organise à Vienne des centres de consultation gratuits pour les jeunes, en particulier autour des périodes de remise des bulletins scolaires, moments associés à un risque suicidaire accru. Plusieurs sources biographiques rapportent qu’en 1931, aucun suicide d’élève ne fut enregistré à Vienne au moment de la remise des résultats, ce qui contribua à faire connaître son action.
Cette expérience éclaire un point central de sa pensée : pour Frankl, le suicide n’est pas seulement un phénomène médical ou social ; il révèle souvent et d'abord l’effondrement du rapport au sens. Dès lors, le rôle du thérapeute ne consiste pas uniquement à réduire des symptômes, mais à aider la personne à envisager un avenir porteur en matière de sens.
Entre 1933 et 1937, Frankl dirige le pavillon des femmes suicidaires à l’hôpital psychiatrique Steinhof de Vienne. Cette expérience l’amène à accompagner jusqu’à 3 000 patientes par an. Elle l’expose de manière massive à la souffrance psychique, au désespoir et à la question du sens.
Cette période permet aussi à Frankl de commencer à prendre de la distance avec les autres écoles psychothérapeutiques viennoises. Si Freud met au coeur de son approche la notion de désir et de pulsion et si Adler insiste sur la volonté de puissance, Frankl affirme progressivement que le cœur de l’existence humaine est ailleurs : dans la capacité à s’orienter vers un sens. La logothérapie ne supprime pas les apports de Freud ou d’Adler, mais elle considère qu’ils ne suffisent pas à rendre compte de la dimension spécifiquement humaine de l’existence.
En 1937, Frankl ouvre son propre cabinet de neurologie et de psychiatrie. Mais l’histoire européenne bascule. L’Autriche est annexée par l’Allemagne nazie en 1938. Les médecins juifs sont progressivement exclus de l’exercice ordinaire de leur profession. Le parcours de Frankl, jusque-là marqué par la médecine et la clinique du suicide, entre alors dans une nouvelle période : celle de la résistance.